Valverde acumula un total de 71 participaciones como entrenador en la Europa League (UEL), 36 de ellas en el banquillo del Athletic. El balance del míster rojiblanco en su actual club es de 18 victorias (la mitad de los partidos ganados), 7 empates, 11 derrotas, 64 goles a favor y 47 en contra.
Se da la circunstancia de que el técnico gasteiztarra no sólo ha dirigido a los leones en esta competición. En su currículo como hombre del banquillo también aparecen Espanyol, Villarreal y Olimpiacos. Con el club perico llegó incluso a disputar una final. Final disputada contra el Sevilla en el Hampdem Park, de Glasgow, el 16 de mayo de 2007 y en la que se impuso el equipo hispalense en la tanda de penaltis.
Su balance global con el Espanyol en la entonces UEFA y ahora Europa League es de 15 partidos con 11 victorias, 4 empates, 0 derrotas (en tiempo real sin contar los penaltis), 34 goleas a favor y 11 en contra.
Con el Villarreal, club en el que no llegó a terminar la temporada 2009-2010, dirigió ocho compromisos saldados con 5 triunfos, 3 derrotas, 17 goles marcados y 8 encajados.
Al frente del Olimpiacos se sentó en el banquillo del equipo heleno en 12 encuentros de la Europa League ganando 7, perdiendo 5, con 22 tantos a favor y 10 en contra.